يعد الموضوع الصحي على رأس أولويات مؤسسة خليفة الإنسانية، حيث تؤمن بحق كل فرد في الحصول على الرعاية الطبية وفق أرقى المعايير العالمية المعتمدة. وفي هذا الصدد بادرت المؤسسة باصدار بطاقات تأمين صحي منذ سنة 2013 للحالات المحتاجة وبلغ عدد المستفيدين خلال الاربع سنوات الماضية 18,959 مستفيد حيث يتم توفير العلاج اللازم في المستشفيات الحكومية والخاصة في كافة إنحاء الدولة .كما قدمت المؤسسة أجهزة طبية إلى عدة مستشفيات بالدولة بهدف تقديم الخدمات العلاجية للمرضى ، وبلغ عدد المستفيدين من الخدمات العلاجية المقدمة منذ عام 2008 حتى نهاية 2017 حوالي 2.812 مستفيدا بواقع 1.558 مستفيدا من صرف الأدوية و328 مستفيدا من صرف الأجهزة التعويضية و 328 مستفيدا من العلاج و926 مستفيدا من العمليات الجراحية . وتولي المؤسسة اهتماما كبيرا بفئة أصحاب الهمم بشكل كبير . وتقدم الدعم المعنوي اللازم وتكفلت المؤسسة بدفع الرسوم الدراسية عن الطلبة والمعسرين ماديا في بعض المراكز الخاصة والموزعة على مستوى الدولة شملت 329 مستفيدا منهم 124 طالبا إماراتيا و 205 طلاب من جنسيات أخرى .