تعتبر المشاريع الاغاثية الطارئة من المشاريع الهامة التي تحرص عليها المؤسسة من خلال تقديم المساندة والمساعدة العاجلة لمواجهة الكوارث الطبيعية والحروب والنزاعات في الدول الشقيقة والصديقة في العالم . قامت مؤسسة خليفة بن زايد آل نهيان الخيرية بعد خمسة شهور من انشائها بتقديم المشروع الاغاثي الأول في يناير 2008 عبر تقديم مساعدات عينية عاجلة لأبناء الشعب الفلسطيني في قطاع غزة للتخفيف من الظروف الصعبة التي يعانون منها .أما مشروع الاغاثة الثاني نفذ في ديسمبر 2008 خلال العدوان الاسرائيلي على قطاع غزة بالتعاون مع الأنروا وبرنامج الأمم المتحدة الإنمائي .وأشارت المؤسسة في بيان لها وقتذاك ان هذه المساعدات لأبناء الشعب الفلسطيني الشقيق ، تشمل الأدوية والطرود الغذائية ومستلزمات المعيشة الأخرى وتوزع على الأسر الأشد فقرا والعائلات المحتاجة لمساعدتها في تخطي المحنة التي تعانيها.